Acuerdo MSP 00004-2026 SISAT Ecuador: guía técnica

El Acuerdo Ministerial MSP 00004-2026 expide el Reglamento de los Servicios Integrales de Salud en el Trabajo (SISAT). Es una de las actualizaciones más importantes para la salud ocupacional en Ecuador porque reemplaza el esquema tradicional de “servicio médico de empresa” y lo convierte en un sistema por categorías, nivel de riesgo, número de trabajadores, habilitación sanitaria y evidencia de gestión.

El documento fue firmado el 29 de mayo de 2026 y certificado por el Ministerio de Salud Pública el 1 de junio de 2026. Su disposición final indica que entra en vigencia desde su publicación en el Registro Oficial; por tanto, los plazos transitorios deben contarse desde esa publicación, no desde la fecha de firma. Descargue el PDF del Acuerdo MSP 00004-2026 SISAT.

La lectura ejecutiva es esta: si su empresa venía manejando salud ocupacional bajo el Acuerdo Ministerial 1404, debe actualizar su criterio. El nuevo acuerdo deroga expresamente el Reglamento para el Funcionamiento de los Servicios Médicos de Empresas y crea una lógica más amplia: promoción de salud, vigilancia médica, salud mental, primeros auxilios, reinserción laboral, indicadores, confidencialidad y control por ACESS.

Qué es el SISAT en Ecuador

El SISAT es el servicio responsable de articular la salud en el trabajo dentro de los centros laborales. No se limita a hacer exámenes médicos ocupacionales. El acuerdo lo define como un servicio de promoción, prevención, vigilancia y atención de salud en el trabajo, con soporte del monitor o técnico de seguridad e higiene.

En la práctica, el SISAT conecta tres frentes que antes muchas empresas manejaban por separado:

• Medicina ocupacional: evaluaciones pre-ocupacionales, periódicas, de reintegro y de retiro, certificados de salud en el trabajo y vigilancia epidemiológica.
• Salud mental y riesgos psicosociales: intervención psicológica, seguimiento de casos, primeros auxilios psicológicos y programas de salud mental.
• Gestión preventiva: análisis de condiciones de trabajo, primeros auxilios, emergencias, indicadores, reportes y mejora continua.

Esto cambia la pregunta que debe hacerse la gerencia. Ya no basta con preguntar “¿tenemos médico ocupacional?”. La pregunta correcta es: ¿nuestro SISAT está implementado según categoría, riesgo, personal mínimo, permisos, registros y confidencialidad?

Ámbito de aplicación del Acuerdo MSP 00004-2026

El reglamento aplica en todo el territorio nacional para empleadores públicos y privados, servidores públicos, trabajadores, Fuerzas Armadas, entidades de seguridad ciudadana y orden público, y afiliados a entidades de seguridad social. Su alcance es nacional y se integra con el Decreto Ejecutivo 255, el Código del Trabajo, la Ley Orgánica de Salud y el Instrumento Andino de Seguridad y Salud en el Trabajo.

La consecuencia práctica es directa: el SISAT no es una obligación aislada del Ministerio de Salud Pública. Debe leerse junto con el sistema de seguridad y salud en el trabajo que controla el Ministerio del Trabajo. El MSP controla salud en el trabajo y permisos de establecimientos; el ente rector del trabajo controla seguridad, prevención de riesgos laborales y cumplimiento laboral.

AM 1404 derogado: qué cambia para las empresas

El Acuerdo MSP 00004-2026 incluye una disposición derogatoria expresa sobre el Acuerdo Ministerial 1404, publicado en el Registro Oficial 698 del 25 de octubre de 1978, junto con sus reformas. Esta derogatoria es relevante porque durante décadas el AM 1404 fue la referencia para servicios médicos de empresa.

El cambio no es solo de nombre. La empresa debe pasar de un modelo centrado en consultorio médico a un modelo de servicio integral de salud en el trabajo. La diferencia se ve en cinco puntos:

Categorías SISAT por número de trabajadores y riesgo

El acuerdo organiza la implementación de SISAT en cinco categorías. La categoría depende del tamaño del centro de trabajo y del nivel de riesgo. Esta clasificación es crítica porque determina componentes, personal mínimo, tiempo de trabajo y obligaciones operativas.

Un punto sensible: los centros de trabajo con menos de 50 trabajadores y actividad laboral clasificada como de alto riesgo deben cumplir componentes de una categoría superior según lo indicado en el reglamento. Por eso el análisis no puede hacerse solo por número de trabajadores; debe cruzarse con la clasificación de riesgo.

Micro y pequeñas empresas de bajo riesgo: excepción parcial

El artículo 25 establece una excepción para micro y pequeñas empresas de 1 a 24 trabajadores cuya actividad laboral sea clasificada como de bajo riesgo. Estas empresas están exceptuadas de implementar SISAT bajo el esquema general del reglamento.

Esa excepción no significa ausencia de obligaciones. El empleador debe garantizar la protección, promoción y cuidado de la salud de los trabajadores mediante la obtención anual del Certificado de Salud en el Trabajo, conforme a los lineamientos de la Autoridad Sanitaria Nacional. También debe garantizar evaluaciones de salud ocupacional cuando la actividad, la exposición a factores de riesgo o la normativa vigente lo requieran.

Personal mínimo del SISAT

El acuerdo identifica cuatro perfiles de salud que pueden integrar el SISAT, según categoría:

• Médico especialista en Medicina del Trabajo: profesional con especialidad médica en Medicina del Trabajo. A partir de 1000 trabajadores se exige su inclusión para dirigir la implementación de los SISAT.
• Médico ocupacional: médico con formación de cuarto nivel en seguridad y salud en el trabajo.
• Profesional de enfermería: licenciatura en enfermería o emergencias médicas, según corresponda.
• Profesional de psicología: profesional de salud mental conforme a la Ley Orgánica de Salud Mental; en gran empresa aplica a partir de 300 trabajadores según la tabla del acuerdo.

Todos los profesionales de salud deben contar con habilitación para el ejercicio profesional emitida por la Autoridad Sanitaria Nacional, a través de ACESS o quien haga sus veces. Además, deberán registrarse en la plataforma o herramienta que designe la autoridad sanitaria para control y verificación.

Tiempo de trabajo: 40 minutos mensuales por trabajador y personal permanente

El artículo 19 introduce una regla operativa que las empresas deben revisar con cuidado. Para las categorías I, II y III, los profesionales médicos deben realizar visitas periódicas que garanticen un tiempo mínimo de 40 minutos mensuales por trabajador. Estas visitas deben documentarse con registros que acrediten la prestación del servicio en el centro de trabajo.

Para las categorías IV y V, los profesionales de salud se consideran personal permanente en el centro de trabajo, con jornada de 8 horas diarias de acuerdo con la normativa aplicable. Además, el empleador debe garantizar cobertura para urgencias y emergencias médicas según jornadas o turnos de trabajo.

Permiso de funcionamiento y control de ACESS

Los establecimientos de salud en el trabajo deben contar con permiso de funcionamiento vigente según su tipología. La infraestructura, equipamiento, medicamentos, dispositivos médicos y personal estarán definidos por la Autoridad Sanitaria Nacional y serán controlados por ACESS.

Esto afecta tanto a empresas con servicio interno como a prestadores externos. Si una empresa contrata un proveedor de salud ocupacional, debe verificar que el proveedor esté habilitado para prestar los componentes SISAT contratados y que el establecimiento esté homologado conforme a su tipología.

Exámenes médicos ocupacionales bajo el nuevo acuerdo

El artículo 32 conserva la estructura de evaluaciones médicas ocupacionales, pero la integra al sistema SISAT. El trabajador tiene derecho a evaluaciones individuales, gratuitas, personales y confidenciales. El acuerdo reconoce los siguientes momentos:

• Evaluación pre-ocupacional o de inicio: antes de la contratación o antes de asignar tareas específicas que puedan implicar peligro para la salud del trabajador o de terceros.
• Evaluación periódica: durante la relación laboral, con frecuencia mínima anual para determinar la incidencia de factores de riesgo en la salud.
• Evaluación de reintegro o especial: cuando el trabajador retorna tras ausencia prolongada por motivos de salud, para definir adaptaciones, rehabilitación, recuperación o reinserción laboral.
• Evaluación de retiro: después de la desvinculación, dentro de los cinco días posteriores a la salida. Si el trabajador no acude, se puede usar la evaluación realizada dentro de los 12 meses anteriores a la salida.
• Certificado de Salud en el Trabajo: resultado de las evaluaciones, sin diagnósticos específicos. Es el único documento al que puede acceder personal externo al SISAT.

Este último punto es clave para talento humano y gerencia. La empresa no debe circular diagnósticos médicos en archivos administrativos. Para gestión laboral, inspecciones o seguimiento externo, el documento operativo es el certificado de salud en el trabajo, no la historia clínica.

Salud mental y riesgos psicosociales

El acuerdo incorpora expresamente la intervención del profesional de psicología dentro del SISAT. Sus funciones incluyen colaborar en la identificación y evaluación de riesgos psicosociales, establecer medidas de intervención, fomentar la salud mental, atender y dar seguimiento a casos detectados, desarrollar programas de salud mental y primeros auxilios psicológicos.

Las empresas que no estén obligadas a contar con profesional de psicología no quedan liberadas del tema. Deben cumplir la normativa vigente sobre riesgos psicosociales y salud mental emitida por la autoridad competente, además de contar con un programa de cuidado de la salud mental. En Ecuador, para riesgo psicosocial debe mantenerse el uso del cuestionario oficial del Ministerio del Trabajo y la normativa vigente aplicable.

Confidencialidad: lo que Talento Humano sí puede y no puede ver

Los artículos 39, 44 y 45 convierten la confidencialidad en una obligación operativa. Los expedientes de salud son personales y confidenciales, pueden ser físicos o digitales, y deben ser custodiados por los profesionales de salud del SISAT.

La regla práctica es sencilla: talento humano, gerencia, seguridad e higiene y supervisores no deben acceder a diagnósticos clínicos. Pueden recibir información funcional necesaria para gestionar restricciones, reubicación, reintegro o aptitud laboral, pero respetando confidencialidad. En inspecciones, procesos de seguimiento o auditorías, como resultado de la atención médica se solicita únicamente el Certificado de Salud en el Trabajo.

Indicadores y mejora continua

El artículo 46 exige que los SISAT reporten anualmente a la Autoridad Sanitaria Nacional el cumplimiento de indicadores relacionados con promoción de salud, prevención de enfermedades, vigilancia de salud y atención de salud en el trabajo. También deben presentar propuestas de mejora continua.

Para una empresa, esto implica pasar de “tener carpetas médicas” a gestionar datos. Debe existir trazabilidad de evaluaciones, programas, hallazgos, restricciones, reintegros, primeros auxilios, emergencias, acciones de salud mental y reportes anonimizados cuando corresponda.

Plazos transitorios del Acuerdo MSP 00004-2026

Los plazos transitorios corren desde la publicación del acuerdo en el Registro Oficial. La empresa debe confirmar esa fecha exacta antes de fijar vencimientos internos. El reglamento establece los siguientes periodos:

Checklist técnico para empresas ecuatorianas

Para aterrizar el acuerdo, una empresa debería revisar al menos estos puntos:

1. Clasificar cada centro de trabajo: número de trabajadores, nivel de riesgo y categoría SISAT aplicable.
2. Validar si aplica excepción: solo para micro y pequeñas empresas de 1 a 24 trabajadores clasificadas como bajo riesgo, sin olvidar certificado anual y evaluaciones cuando apliquen.
3. Revisar proveedor externo: verificar habilitación, perfiles profesionales, permiso de funcionamiento y capacidad de cubrir componentes SISAT.
4. Actualizar contratos y alcance médico: ya no basta con “exámenes ocupacionales”; debe haber plan de salud, vigilancia, registros, reintegro, emergencias e indicadores.
5. Separar expediente médico y expediente laboral: talento humano debe recibir certificados e información funcional, no diagnósticos clínicos.
6. Definir el Plan Anual de Salud en el Trabajo: diagnóstico, matriz de riesgos, programas de salud laboral, salud mental y cronograma.
7. Documentar visitas y tiempo de trabajo: especialmente en categorías I, II y III con la regla de 40 minutos mensuales por trabajador.
8. Preparar trazabilidad para inspección: certificados, actas, indicadores, registros de primeros auxilios, PMEE y evidencia de mejora continua.

Riesgos de incumplimiento

El artículo 48 dispone que el incumplimiento del reglamento será sancionado conforme al marco legal vigente, de acuerdo con las atribuciones de la Autoridad Sanitaria Nacional y del ente rector del trabajo. En otras palabras, el riesgo no es solo sanitario. También puede impactar inspecciones laborales, evidencia de cumplimiento SST, responsabilidad patronal y gestión de accidentes o enfermedades relacionadas con el trabajo.

El mayor riesgo práctico es seguir operando con criterios anteriores: contratos médicos que solo cubren exámenes, expedientes sin confidencialidad, proveedores sin habilitación verificable, ausencia de plan anual de salud o uso del AM 1404 como si siguiera siendo la base vigente.

Cómo debe actuar su empresa ahora

La primera decisión no es comprar un servicio médico nuevo. La primera decisión es ordenar evidencia: clasificar centros de trabajo, identificar categoría SISAT, revisar riesgo, validar proveedor, ajustar el plan de salud en el trabajo y separar correctamente la información médica de la información laboral.

Tagline acompaña a empresas ecuatorianas en gestión humana, salud ocupacional y cumplimiento SST. Revisamos su estructura actual frente al Acuerdo MSP 00004-2026, el Decreto Ejecutivo 255 y las obligaciones del SUT, y le entregamos una ruta defendible de implementación.

Preguntas frecuentes sobre SISAT

¿El Acuerdo MSP 00004-2026 ya reemplaza al AM 1404?

El acuerdo contiene una derogatoria expresa del AM 1404 y sus reformas. La vigencia formal depende de su publicación en el Registro Oficial, según la disposición final del propio documento. Para aplicar plazos, confirme la fecha exacta de publicación.

¿Todas las empresas deben implementar SISAT?

El reglamento aplica a empleadores públicos y privados. Sin embargo, micro y pequeñas empresas de 1 a 24 trabajadores clasificadas como bajo riesgo tienen una excepción de implementación, sin quedar liberadas de certificado anual y evaluaciones cuando la actividad o los riesgos lo requieran.

¿El SISAT es lo mismo que los exámenes médicos ocupacionales?

No. Los exámenes ocupacionales son una parte del SISAT. El servicio también incluye promoción, prevención, vigilancia, salud mental, reintegro, primeros auxilios, gestión de información, indicadores y mejora continua.

¿Quién controla los permisos de funcionamiento?

La Autoridad Sanitaria Nacional, a través de ACESS o quien haga sus veces, controla los establecimientos de salud en el trabajo para emisión o renovación de permisos, conforme a la tipología y cartera de servicios que se expidan.

¿Talento Humano puede guardar diagnósticos médicos?

No debería. La información de salud es confidencial y debe ser custodiada por los profesionales de salud del SISAT. Para gestión externa al SISAT debe usarse el Certificado de Salud en el Trabajo, sin diagnósticos específicos.

Fuentes normativas

• Acuerdo Ministerial MSP 00004-2026 — Reglamento SISAT.
• Decreto Ejecutivo 255 — Reglamento de Seguridad y Salud en el Trabajo.
• Ministerio del Trabajo — Reglamento de Seguridad y Salud en el Trabajo.
• ACESS — Permiso de funcionamiento para establecimientos y servicios de salud.
• Decisión 584 — Instrumento Andino de Seguridad y Salud en el Trabajo.